1992թ. սեպտեմբերին Վազգեն Մանուկյանը նշանակվել է ՀՀ պետնախարարի, այնուհետև պաշտպանության նախարարի պաշտոնակատար` միաժամանակ ղեկավարելով ՀՀ արդյունաբերական համալիրը:Այդ ժամանակաշրջանում վերջնականորեն ձևավորվում է ՀՀ կանոնավոր բանակը, բազմաթիվ պարտություններից հետո սկսվում է Ղարաբաղի բանակի փայլուն հաղթանակների շրջանը, ռազմական գործողությունները փոխարինվում են քաղաքական բանակցություններով:
Կապանի օպերացիա
1992 թ․ աշնան և ձմռան ամիսներին երկրի սահմաններին իրավիճակն օրհասական էր։ Շահումյանն ու Մարտակերտը թշնամու ձեռքում էին, Կիչանը և ըստ այդմ՝ Ստեփանակերտն ու ամբողջ Ղարաբաղը՝ մշտական սպառնալիքի տակ։ Լաչինի միջանցքով երթևեկելը խիստ վտանգավոր էր, երբեմն՝ անհնար։ Հակառակորդը տարբեր զինատեսակներից գնդակոծում էր նաև Կապանի շրջանի հայկական գյուղերը՝վտանգի տակ պահելով Կապան-Գորիս ավտոմայրուղին։
1992 թ. ապրիլի 24-ից սահմանային ընդհարումները վերաճում ենլուրջ մարտական գործողությունների։ Զանգվածաբար հրետակոծվում էին Կապան քաղաքն ու սահմանամերձ բնակավայրերը։
Որոշում է կայացվում միջոցներ ձեռնարկել՝ վերացնելու հակառակորդի առավել վտանգավոր հենակետերը։ՀՀ ԶՈՒ գլխավոր շտաբի պետ գեներալ-լեյտենանտ Հրաչյա Անդրեասյանը մշակում է պլան, օպերացիայի ղեկավար է նշանակվում Յուրի Խաչատուրովը։
Դեկտեմբերի 10-ի վաղ առավոտյան գործողությունը սկսվում է։ Մի քանի ժամ տևած մարտերից հետո հայկական կողմին հաջողվում է լիակատար պարտության մատնել թշնամուն և փոխել պատերազմի ելքը։
Օպերացիայի հեղինակը պաշտպանության նախարար Վազգեն Մանուկյանն էր։
Քարվաճառի օպերացիա
Քարվաճառի շրջանում տեղակայված ադրբեջանական ռազմական հենակետի ոչնչացման, բռնազավթված բնակավայրերի ազատագրման և ադրբեջանական բանակի լաչին-քելբաջարյան խմբավորման ջախջախման գործողությունըտեղի է ունեցել 1993 թ․ մարտի 27-ից ապրիլի 2-ը։ Դա նույնպես Վազգեն Մանուկյանի պաշտոնավարման օրոք էր և նրա անմիջական ղեկավարությամբ։
Քարվաճառն իր դիրքով չափազանց կարևոր էր: Քարվաճառից էր հրետանակոծվում Մարտակերտը, Քարվաճառում տեղակայված թշնամու զինուժը մեծ վտանգ էր Շահումյանի պարտիզանական ջոկատների համար համալրում հասցնող ինքնաթիռներին: Քարվաճառի ազատագրումը մեկ ուղղությամբ իրականացնել հնարավոր չէր. այն իրագործվում է երեք ուղղություններով՝ միաժամանակյա հարձակմամբ:
Կապանի և Քարվաճառի օպերացիաների մասին Վազգեն Մանուկյանը տեղյակ չի պահել այդ ժամանակվա նախագահ Լևոն Տեր-Պետրոսյանին, քանի որ վերջինս դեմ էր նմանգործողություններին՝ համարելով միջազգային հանրության կողմից ոչ ընդունելի։
1993թ. օգոստոսին Վազգեն Մանուկյանն ազատվում է պաշտպանության նախարարի պաշտոնից՝ մեկ տարվա պաշտոնավարման ընթացքում էական դերակատարում ունենալով Արցախյան պատերազմի հաղթանակի նվաճման գործում։