В сентябре 1992 г. Вазген Манукян был назначенгосминистром, затем – и.о. министра обороны, одновременно возглавляя промышленный комплекс РА.
В этот период была окончательно сформирована регулярная Армия РА, после многочисленных неудач началась серия блистательных побед Армии Карабаха (Сил Самообороны), боевые действия сменились политическими переговорами.
Капанская операция
Ситуация на границах страны осенью-зимой 1992 года была катастрофической. Шаумян и Мартакерт находились в руках врага, Кичан и, следовательно, Степанакерт и весь Карабах – под постоянной угрозой. Передвижение по Лачинскому коридору было крайне опасно, а порой и невозможно. Из различных видов оружия враг обстреливал также армянские села Капанского района, что создавало опасность для автомагистрали Капан-Горис.
С 24 апреля 1992 года приграничные столкновения переросли в серьезные боевые действия. Массированным обстрелам подвергались город Капан и приграничные населенные пункты.
Было принято решение предпринять меры для обезвреживания наиболее опасных огневых точек противника. Начальник Генштаба ВС Армении генерал-лейтенант ГрачьяАндриасян разработал план, руководить операцией было поручено Юрию Хачатурову.
Операция началась рано утром 10 декабря. После продлившихся несколько часов боев противник потерпел полное поражение, что изменило ход военных действий.
Автором операции был министр обороны ВазгенМанукян.
Карвачарская операция
Операция по уничтожению расположеннойв Карвачарском районе азербайджанской военной огневой точки, освобождению захваченных населенных пунктов и разгрому лачин-кельбаджарской группировки азербайджанской армии была проведена 27 марта - 2 апреля 1993г. Это также произошло в период пребывания ВазгенаМанукяна в должности министра и под его непосредственным руководством.
Карвачар был чрезвычайно важен в силу своего расположения. Отсюда обстреливался Мартакерт, а дислоцированные в Карвачаре воинские подразделения представляли большую опасность для самолетов (вертолетов??),
обеспечивавших подкрепление партизанским отрядамШаумяна. Освободить Карвачар, действуя только на одном направлении, было невозможно, и операция была осуществлена одновременным нападением с трех направлений.
Об операциях в Капане и КарвачареВазгенМанукян не поставил в известность тогдашнего президента Армении Левона Тер-Петросяна: последний был против подобных действий, считая их неприемлемыми для международного сообщества.
В августе 1993 года ВазгенМанукян был освобожден отдолжности министра обороны, сумев за год руководства ведомством сыграть существенную роль в истории победнойАрцахской войны.