До 1988 года ВазгенМанукян был членом и учредителем различных политических организаций, объединяющих армянскую интеллигенцию, и неслучайно, что он стоял также у истоков Карабахского движения.
«Наивысший духовный подъем в жизни я пережил в момент, когда в ходе своего первого выступления на митинге видел сотни тысяч глаз. Хотя я говорил то, что для них было не столь уж приемлемо. Все были уверены, что у нас есть постоянный враг в лице Турции и постоянный друг в лице России. А я сказал, что у нас нет ни постоянных друзей, ни постоянных врагов».
В ходе февральских митингов 1988 г.ВазгенМанукян в своем выступлении впервые озвучил призыв к общенациональной забастовке.
Когда в том же году был создан Комитет «Карабах», возглавивший начавшееся движение за воссоединение Нагорного Карабаха (Арцаха) с Арменией, Вазген Манукян был сперва членом Комитета (с февраля 1988г.), а затем, с июня, его координатором.
Публичные выступления членов Комитета стенографировались и затем передавались в Политбюро. Отлично зная об этом, ВазгенМанукян иногда обращался в своих выступлениях напрямую к Политбюро. «Как-то я заявил, что мы будем «раскачивать лодку», и если даже Карабах нам не передадут, прибалтийские республики все равно поднимутся на борьбу и Советский Союз развалится…»
10 декабря 1988 года вместе с другими членами Комитета «Карабах» ВазгенМанукян был арестован и провел 6 месяцев в московской тюрьме «Матросская Тишина».
Ряд членов организации – ВазгенМанукян, Ашот Манучарян и Давид Варданян - считал, что нужно расширить круг вопросов, которыми занимался Комитет, и включить в него определенные принципы идеологического характера.
Манукян разработал эти принципы и представил их в ходе выступления на митинге. Впоследствии они стали идеологической основой Армянского общенационального движения (АОД).
«Движение 88-го года поставило вопрос, который был приемлем для всего народа, в том числе – коммунистической номенклатуры и интеллигенции: воссоединения Карабаха с Арменией. Однако уже после этого Движение выдвинуло две важные идеи, которые вошли в противоречие с прежней идеологией. Это была первая национальная идеология.
В тот период были написаны статьи «Закон исключения третьей силы» и «Пора спрыгнуть с поезда», на митинге было объявлено, что «у нас нет постоянных друзей и постоянных врагов», мы декларировали идеологические принципы Движения, и все это бурно обсуждалось в общественных кругах. Это означало пересмотр всей национальной политики, которая царила в армянском обществе предыдущие две сотни лет» – ВазгенМанукян.
Второй важнейший принцип, провозглашенный Движением, - создание нового, либерального государства. Был поставлен вопрос изменения всей структуры государства, отношения к правам человека, свободам, а также свободной экономики и свободной конкуренции, многопартийной системы и т. д.
«С одной стороны, мы посредством Комитета «Карабах» продвигали идею конституционного решения Карабахской проблемы, стремясь обрести партнеров во всем мире по вопросу верховенства закона и международного права, с другой – понимая неизбежность войны, каким-то образом, скрытно поддерживали формирование отрядов добровольцев…»
Перерождение Движения в вопрос религиозного или этнического характера, как и опора только на историю могли стать катастрофической ошибкой для нас, армян. Единственным путем был конституционный, который делал тебя приемлемым и понятным для всего мира».
По инициативе Комитета «Карабах» создается общественно-политическая организация «Армянское общенациональное движение». В состав избранного на учредительном съезде правления вошли практически все члены Комитета. ВазгенМанукян был избран первым председателем правления АОД.